一般一种细菌往往可以被多种噬菌体感染，但一种噬菌体只能感染一种细菌及与其他相近的菌。
如果生产菌株被噬菌体侵染，那么它会很快地在菌体内得到增殖，改变宿主性质，使之成为制造噬菌体的“工厂”，大量繁殖噬菌体，后导致生产菌菌体的裂解死亡，而由于其体积小，无法通过一般细菌学手段进行检测，污染后不能及时判断，因此在发酵生产中应以防范为主。
在发酵工程领域，噬菌体污染一直是一个不容忽视的问题。噬菌体作为一种能够感染并裂解细菌的病毒，其存在严重威胁着发酵过程的稳定性和产品质量。然而，传统的消毒方式在面对噬菌体污染时往往显得力不从心。
噬菌体污染的原因多种多样，包括但不限于原料带入、空气传播、设备污染等。一旦噬菌体进入发酵罐，它们会迅速繁殖并感染发酵液中的细菌，导致细菌裂解死亡，从而影响发酵过程的正常进行。
噬菌体污染对发酵工程的影响主要体现在以下几个方面：
1.降低生产率：噬菌体污染会导致发酵过程中的细菌数量减少，从而降低生产效率。效
2.影响产品质量：噬菌体的感染可能改变发酵产物的组成，导致产品质量下降。
3.增加生产成本：为了控制噬菌体污染，企业可能需要频繁更换发酵菌种，这无疑会增加生产成本。
4.设备损坏：噬菌体感染可能使发酵罐中的pH值发生剧烈变化，对设备造成腐蚀和损坏。
面对噬菌体污染，传统的消毒方式如紫外线照射、高温蒸汽灭菌等虽然在一定程度上能够杀灭细菌，但在去除噬菌体方面却存在明显的局限性。传统消毒方式对噬菌体的杀灭效果并不理想，往往无法彻底去除噬菌体污染。一些传统消毒方式如高温蒸汽灭菌需要特定的设备支持，且对设备的要求较高，增加了企业的投资成本。
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