蒸汽灭菌要求发酵罐材质和内部物料能耐受蒸汽，有一定操作弹性、内部附件尽量减少（避免死角）、物料与能量传递性能强，并可进行一定调节以便于清洗、减少污染，所以一旦上述方面出现问题就会在一定程度上影响终的灭菌效果。另外，即使是发酵罐是采用蒸汽高温杀菌，但在实际生产中也偶尔出现灭菌失败的情况——尤其是常出现耐热芽孢导致的灭菌失败。
芽孢杆菌，尤其是耐热芽孢对温度有着极高的抗性。芽孢在形成时会合成一些特殊的酶，这些酶比繁殖体中的酶具有更强的耐热性。芽孢核心和皮质层中含有大量吡啶二羧酸（简称DPA）,占芽孢干重的5%-15%，是芽孢特有的成分，在细菌繁殖体和其他生物细胞中都没有。DPA能以一种目前尚不明确的方式，使芽孢的酶类具有极高的稳定性。芽孢形成过程中会很快合成DPA，同时也获得耐热性。
不合理的装载、灭菌物的预处理不当、未充分排除冷空气等因素会影响蒸汽灭菌的完成程度，会在一定程度上削弱蒸汽饱和程度、蒸汽的穿透能力、蒸汽的热传导效力等参数，使其达不到理想的效力，尤其当这些因素与极度耐热微生物同时出现时，就会在极大几率上会出现灭菌失败的情况。所以，即使在理想情况下，蒸汽对芽孢的杀灭也有一定局限，更何况实际蒸汽灭菌操很难达到理想的理论程度，所以在现实中发酵罐经蒸汽灭菌后仍然会出现微生物污染的情况，其中频繁的情况是耐热芽孢污染。
要选择合适的方式来解决耐热芽孢等高抗性污染，弥补蒸汽灭菌在现实操作中可能存在的不足和盲区，终实现对发酵罐的成功灭菌。
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