发酵染菌能给生产带来严重危害，防止杂菌污染是所有发酵工厂的一项重要工作内容，也是企业发展基本的生命线。尤其是无菌程度要求高的液体深层发酵，污染防止工作的重要性更为突出。防染菌必须要确立预防为主的思想，加强生产过程的管理工作，将染菌因素消灭在萌芽状态。
设备是发酵生产的基础，如今发酵工厂装备及技术已不断改进，发酵染菌率也呈下降趋势，但仍有部分工厂发酵染菌率居高不下，有的仍然高达20%。据有关资料统计，造成发酵染菌的所有因素中，由设备问题引起的发酵染菌占53.8%，主要表现在空气系统带菌、发酵搅拌轴密封泄露、夹套穿孔、蛇管穿孔、阀门泄露等方面。因此，要克服染菌问题，必须着重从以上几方面入手，层层把关，严防杂菌污染。
发酵罐染菌原因分析：
(1)从染菌的规模来分析染菌原因
大批发酵罐染菌：空气系统。部分发酵罐(或罐组)染菌：前期可能是种子带杂菌，或灭菌不彻底，中后期则可能是中间补料系统或油管路系统发生问题所造成的。个别发酵罐连续染菌：设备问题(如阀门的渗漏或罐体腐蚀磨损)，设备的腐蚀磨损所引起的染菌会出现每批发酵的染菌时间向前推移的现象。个别发酵罐偶然染菌：原因比较复杂，因为各种染菌途径都可能引起。
(2)从染菌的类型来分析
耐热性芽孢杆菌：死角或灭菌不彻底。球菌、酵母：可能是从蒸汽的冷凝水或空气中带来的。浅绿色菌落(革兰氏阴性杆菌) ：发酵罐的冷却管或夹套渗漏。霉菌：灭菌不彻底或无菌操作不严格。
(3)从染菌的时间来分析
发酵早期染菌、种子带菌、培养基和设备灭菌不彻底、设备或管道有死角，中后期染菌、中间补料、设备渗漏、操作不合理
(4)空气过滤系统方面原因
原因分析：进风口、生产环境、空气过滤器
染菌特点：空气过滤系统带菌会使发酵罐批批染菌、罐罐染菌，此时就要对空气过滤系统进行无菌样检测
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