药物发酵一般分为四个阶段：接种、增菌、发酵和收获。首先，将已经过筛选的微生物（如细菌、真菌等）接入培养基中，加入适量的营养物质，使微生物能够快速增殖。然后，通过控制发酵条件如温度、pH值、氧气、搅拌等参数，使微生物发挥高度的生物催化作用，产生所需的代谢产物。在优条件下，微生物的生长周期通常为几个小时到几天，需要持续不断地加入营养物质来维持微生物的生长和代谢活动，直到合适的药物浓度被合成出来。后，将发酵液经过分离、纯化等步骤，得到高纯度的药物产品。
药物发酵过程中可能会遇到的微生物污染主要包括：
1.细菌污染：发酵过程中，如果操作不当或设备清洁不彻底，很容易引入细菌污染。这些细菌可能与目标菌种竞争营养物质，导致目标菌种生长受限，甚至产生有害物质影响产品质量。
2.真菌污染：真菌，特别是霉菌，是药物发酵中常见的污染物。它们能够在发酵液中快速生长，形成菌丝和孢子，不仅影响发酵液的外观和品质，还可能产生毒素，对人体健康造成威胁。
3.病毒污染：虽然病毒在发酵药物生产中不是主要污染物，但某些病毒如噬菌体可能感染发酵中的细菌，导致细菌裂解，从而影响发酵过程的稳定性和产物的产量。
除了细菌、真菌和病毒外，还有可能存在其他微生物的污染，如放线菌、原生动物等。这些微生物同样可能对发酵过程产生不良影响。
为了减少微生物污染的风险，药物发酵过程中需要采取严格的无菌操作、使用合适的消毒剂和清洁程序、定期维护和检查发酵设备等措施。同时，对原料、水源、空气以及操作人员的卫生状况也要进行严格控制。
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2.发酵车间灭菌，智能化人机共存的大型发酵车间常温灭菌技术，代替高温高压灭菌
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