种蛋产出后，会受到泄殖腔及环境中微生物等不同程度的污染，蛋壳上携带细菌(如沙门氏菌、巴氏杆菌、大肠杆菌、亚利桑那菌等)很容易繁殖，虽然有蛋壳和内膜的保护，但也不能阻止细菌进入蛋内，没有经过消毒灭菌处理过的种蛋，细菌(特别是大肠菌群和沙门氏菌)繁殖过多，严重影响种蛋的质量、孵化低下，并可能将疾病传播给雏鸡，危害巨大。
种蛋大肠菌群污染途径有哪些？
1.由母体污染蛋类：蛋鸡的体内污染通常是在卵巢,主要的污染菌是大肠杆菌、沙门氏杆菌、霉菌、及某些病毒。虽然从蛋壳结构上看，种蛋有胶质层，蛋壳和内膜等几道自然屏障，但这些屏障对病菌的阻止能力有限。由于存放的时间变的变化，蛋面被污染，蛋面温度高，湿度大时，这些细菌(特别是大肠杆菌)在壳上很容易繁殖，突破其阻止侵入蛋内，有些病菌会直接导致胚胎死亡，臭烂腐败；有些病菌则在雏禽孵出后发病死亡，并传染给没死亡雏禽的后代。严重影响种蛋的质量和孵化率。
2.由环境污染蛋类：而对于在体外污染的蛋类在禽蛋刚刚排出体外时，禽蛋本身的温度较高并含有水气，可是在外界很快就降温而把细菌吸入禽蛋内。所以产蛋的环境卫生状况会影响禽蛋本身所带细菌的种类和数目，同时对细菌能否穿透蛋壳也会造成影响。随着存入的时间延长，大肠杆菌不断繁殖增多，这些大肠杆菌附着在蛋体表面并且大量繁殖并侵人蛋内，不仅影响孵化率，更严重的是污染孵化器和用具，传染各种疾病，并可能将疾病传播给雏鸡。尤其是雏鸡白痢病，危害很大，给种蛋进行消毒灭菌，可以消除蛋壳上的病原微生物，减少胚胎死亡，而且还能提高孵化率和鸡苗的成活率。
种蛋从产出到孵化要经过三次消毒。次是在种蛋收集后，要立即在鸡舍内进行消毒；第二次是种蛋入孵后，在孵化器内进行消毒；第三次是落盘后，在出雏器内进行消毒。常用的消毒方法有：
1、干雾熏蒸消毒。用比林科汉干雾机配合杀孢子剂在密闭房间内进行空间消毒，这时鸡蛋叠放在托盘上放置，干雾气体扩散充满整个房间，做布朗运动接触到鸡蛋壳表面起到杀灭大肠杆菌及其它微生物的作用。此方法快速、高效、无残留，食品级安全，对鸡蛋无伤害。
2、鸡蛋浸泡消毒。用诺福养殖业消毒灭菌剂，按一定的比例稀释，将种蛋放入预先配好的诺福养殖业消毒灭菌剂溶液中浸泡10分钟。可以有效的杀死种蛋表面的细菌、真菌、病毒和有害微生物，这种方法的消毒灭菌效果较为显著，无色无气味，简单、易操作、成本低。
3、过氧乙酸熏蒸消毒。按每立方米空间用1克过氧乙酸在20~25℃、相对温度70%~80%的密闭环境中，将药液加热，产生的烟雾消毒20分钟后进行通风，排出余气。此方法需要加热存在不安全隐患，容易造成火灾，而且过氧乙酸有很大的腐蚀性。
4、紫外线消毒。将种蛋置于紫外线灯下60厘米处，开灯照射10分钟，然后将蛋翻转，再从背面照射10分钟。利用紫外线消毒只能杀灭种蛋表面的微生物，对深层的微生物杀灭效果差。
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