冷库的库房是进行食品冷加工和长期存放的地方，库房的卫生管理工作，是整个冷库卫生管理的中心环节。在库房内霉菌比细菌繁殖得更快，并且极易侵害食品。因此，库房应该进行不定期的消毒工作。
运货用的手推车以及其他载货设备也能成为微生物污染食品的媒介，应该经常进行清洗和消毒。
冷库的库房内踉跄的食品，不论是否有包装，都要对方在垫木上。垫木应该进行抛光，并保持清洁。垫木、小车以及其他设备，要定期在冷库外冲洗、消毒。加工用的设备，如铁盘、耿工作台等，在使用前后都应该用清水冲洗干净，必要时还要消毒处理。
冷库内部的走道和楼梯要经常清扫，特别在出入冷库的时候，对地坪上的碎肉等残留物要及时清扫，以免污染环境。
冷库消毒如何选择消毒剂和消毒方法？
经常使用的冷库库房，潜伏大量的真菌、细菌、酵母菌等致病菌，当果蔬贮藏期裸露于空间时，病菌即由伤口、皮孔等处侵入，使用前必须进行消毒，但新建库房当年使用时，可以不进行消毒处理。
冷库消毒剂种类很多，如硫磺、甲醒、漂、臭氧等。其中硫磺+木屑燃烧法为常用，用量为库容积3-58/m3，点燃后熄灭明火，发烟即可，灭菌效果好，但对库内金属有一定的腐蚀作用。甲醒(即来苏水)杀菌广谱、效率高，但使用不方便，使用不当时，对人体有害。
一种新型冷库消毒剂诺福，采用独有的复合型过氧化氢配方，将传统的过氧化氢能力提升了几十到100倍，可以高效杀灭细菌、霉菌、芽孢、孢子。
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